由广东和福建共管，中间由雄镇分水关做为分界线。为加强海防，明万历三年(1576年)设南澳镇、置副总兵，统领福建和广东水师。
崇祯十三年（1640年），郑芝龙就任南澳总兵，四年后升任福建都督，总兵一职由其部将忠勇侯陈豹接任。数十年间，郑芝龙的郑家军一直是东南海上最有实力的控制者，基本上独揽了通洋之利，南澳也成为其海上贸易的重要基地。
郑芝龙降清后，他部下不愿沦为清奴的官兵有不少人就流落到南澳，走私谋生。
如今在南澳执掌兵权的陈豹虽是郑芝龙的老部下，可他反对降清，由他管治下的南澳名义上还是奉的大明隆武政权，对于新生只有两年多的永历政权一直态度不明。