为右军，并挂龙虎将军印，封列侯，赐锦名赤心，一功名必正，号其营为忠贞营，封高氏为贞义夫人。从此在湖广战场上开创了南明与农民军联合抗清的新局面。
在与忠贞营合军后，为执行隆武帝的战略部署，堵胤锡建议由何腾蛟北上堵截清军，自己率部围攻荆州以恢复湖北。当时荆州城久攻不下，推官赵振芳建议决水灌城，可以迅速拿下荆州，堵胤锡叹息道：“这确实是好计，然而我为朝廷恢复疆土，打着救民于水火的旗号而来，如今引水灌城，城必可下，但却害苦了百姓，还叫什么义师，我又于心何忍？况且东面有何督师阻截清军，城内守军内无粮草，外无救援，必然不能持久了。”想不到的是何腾蛟部竟在岳阳城下不战自溃，清军如入无人之境般长驱而来。围城明军猝不及防之下解围败走，堵胤锡也在撤退途中坠马折臂，在途经新化驿时他感于时事呕血不止，愤然题诗寄慨：“不眠灯火暗孤村，风雨萧萧杂夜魂。鬼定有知号汉关，家于何处吊荒原？三更鸟化千年血，万里人悲一豆恩。南望诸陵迷野渡，钟山肠断可憐猿。”此时胤锡新败，眼看中兴大计化为泡影，心情郁郁，而诗中更多的是对南明内部虚弱无能的忧虑和感叹。恐怕还夹杂着一丝对前途的迷茫之情。
同年五月，堵胤锡病愈，在澧州草坪击退了一路追逼而来的荆州清兵，兵势稍振。他的儿子堵世明，侄儿堵正明正这时也弃家来到军中，因堵正明骁勇有谋略，堵胤锡命他掌管君子营亲军。堵正明英勇
南明第一疆臣堵胤锡(5/11)