展开反击，人类节节败退。
西元2027年，为了阻断机器的能量来源（太阳能），人类决定在天空中布满乌云，阻挡了太阳，大地陷入一片黑暗。机器早已对人类的，以蛋白质为基础构造的身体了如指掌，他们利用基因工程，开始人工制造人类，利用人体产生的生物电和热量，来维持机器的生存。
人类从“田野”里出生，然后逐渐长大成“果实”，他们的意识被接入机器设计的母体（matrix），又称矩阵，永久的生活在虚拟的世界里，被机器人所扮演的特工监视着。
幸存下来的人类和从矩阵中“苏醒”的人类，生存在基地“锡安”里，不断地进行着将生活在矩阵中的人类解救出来的工作。人类和机器的战争经历了五代，每一代都是锡安被毁灭。
20xx年，第六代救世主尼奥，被尼布加撒号船长墨菲斯找到，并逐渐成长成为一名“黑客”，当他死亡时，觉醒了救世主的能力，消灭了黑衣特工史密斯，并开始投身于解救矩阵中的“人类”的工作。
“设计师”最终决定先下手为强，派出了250000个电子乌贼组成的军团，开始进攻锡安基地，而尼奥得到了先知的指引，开始寻找并拯救关键人物——钥匙匠（keymaker）。
“时间：西元20xx年”
“地点：地面城市”
“场景：黑客帝国2”
“难度：普通（d）”
第三章 尼布加撒号(3/7)