恺等人的推举之下，由蔡锷出任护国军政府大将军，执掌护国军所有军务。
蔡锷随即马上着手对西南诸省各路军队进行整编，定制护国军相关章程和番号。
护国军政府这边则在蔡锷忙于军务之际，又立刻举行了一次选举会议，决定尽快确定军政府的首脑人物。对于西南军阀而言，他们心中所属意的人是唐继尧，不仅是因为唐继尧与他们的利益更为贴近，再者在整个西南诸省当中目前就属云南最有实力，给唐继尧和蔡锷都扣上大帽子，此二人自然要承担更多的责任并且投入更多的本钱。
然而中华革命党和西南诸省的资产阶级革命派，以及一些社会贤达，大部分却是希望能够拥戴孙中山出任军政府的首脑。蔡锷掌武，孙中山掌文，双方都能最大化调动和发挥反袁、反帝制的声势，简直是在合适不过。
相反若是让唐继尧出任军政府首脑，那整个护国军和护国军政府全部都是滇系掌握，纵然其他几个省没有什么怨言，但就整个大局观而言肯定还是欠缺一定火候。更何况，也并非所有西南军阀都拥戴唐继尧，像四川熊克武和湖南谭延闿二人都是对唐继尧颇有不满，于是声势上自然还是支持孙中山。
军政府因为这件事发生了一定争执，让原本本来很效率的局面一下子陷入了僵局。
恰恰在十一月八日这天，中华革命党人陈其美率领一支革命军在上海策划并发动了一场起义，也就是被后世国民党大肆吹捧的“肇和舰”起义。
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