在抚州与北洋军奋战至六月九日，这才因为李纯调转主力部队北上围攻，寡不敌众之下败退溃散而去。
从五月底到六月初，整个“二次革命”经历了小半个月的时间，最后在盛夏的一场暴雨过后，一切都恢复了平静。
孙中山在六月十五日从租界搭乘火轮东渡日本，临行之前神色沉重，一言不发。
国内各省的报纸在十六日的头版新闻上，尽皆报道关于所谓的“二次革命”是一场国民党酝酿策划的叛乱军事行动。即便是由南方革命人士所控制的报刊，在这个时候也不敢任意发表评论，最多也就是对此次事件沉默不语。
尽管仍然有少数坚定不移的革命信徒四下奔走，痛斥报纸舆论的不公正，可对于更多平头老百姓们来说，他们连字都认不得几个，也只能是道听途说、听之信之。
而经过这次地域广泛的内战之后，北洋军事集团于各省的势力格局也随之发生了重大变化。王占元霸占武汉三镇，成为湖北省实际掌权人；李纯击溃李烈钧，又逼走欧阳武，在冯国璋的支持之下执掌江西；广东省也进入了由广西接管的时代。
早在南京被攻克的第二天，一直担任后勤保障工作以及拱卫津浦线任务的第一混成旅，便开始密谋向淮安和淮北两地收拢各营各部。
袁肃在六月九日这天，正式下令第三团从港城开拔，与淮安的第一团会合。
不过因为前前后后驻扎了有一段时日，再加上整个江苏省内交通秩序混乱，第三团
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