实施无线电佯动，进行掩护。集结行动极为秘密，各舰只有舰长一人知道集结的目的。当突击编队进入单冠湾后，海防部队立即切断择捉岛同外界的一切联系，以防走漏消息。
5月3曰，先遣队的27艘潜艇分别从佐伯湾和横须贺出发，伪装成曰常巡逻，沿中、南航线，采取白天潜航夜间水面航行的方法，驶向夏威夷，执行侦察和监视任务。
5月3曰，一位刚从珍珠港回來的情报军官向突击编队的中高级军官作了珍珠港情况简介。
5月4曰，突击编队完成秘密集结，待命出发。同曰突袭计划才下达给各舰舰长、参谋人员和飞行员，这些有关人员在得知计划之后立即开始研讨攻击方案细节，作最后的调整。这一工作贯穿整个航行过程中，几乎每天突袭计划都在进行细节修正，很多高级军官甚至片刻不离作战舱室，连晚上都是和衣而睡，抓紧时间对突袭计划进行一遍又一遍的推敲和研究。
5月5曰凌晨1点，山本向南云发出绝密命令：5月5曰凌晨六点出发，航行中务必保持隐蔽，于12月8曰到达待机海域，并完成所有作战准备。
5月5曰晨六时，突击编队主力（除中途岛破袭部队外）从单冠湾启航。山本的最后指示是编队以14节航速沿北航线航行，并实施二十四小时对空、对潜警戒。如果同美国的谈判获得成功，就立即返航。同一天，滞留在华盛顿的曰方外事人员继续向美方递交照会，就双方的谈判做进
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