运输船所替代。
鉴于华夏水师编制的庞大，改编将是一个漫长的过程，等到整个整编计划完成后，华夏水师将拥有五十四门炮以上一至四等巡洋舰五十六艘，四十门炮以上一至二等巡航船一百四十艘，三等巡航船以下辅助船只超过四百艘，几乎相当于此时英法荷三国海军的总和。而且与陆师执行的移防改置政策一样，水师各中队之间也将每隔三年进行一次大规模的换防，只是由于各镇守府名下中队装备的船只船型较小的原因，因此换防只在镇守府与镇守府之间、外洋舰队与外洋舰队之间进行，至于人事交流则不限于三年的概念。
由于华夏水师不单包括外洋水师，因此内河水师一样进行了改编——长江内河水师被分拆成负责洞庭湖及武昌上游地区的荆江舰队、负责鄱阳湖及赣江流域的湖口舰队和负责长江中下游的两江舰队；黑龙江内河水师也拆分为乌苏里江舰队、松花江和牛满江舰队、黑龙江上游舰队——再加上原有的珠江内河舰队、湄公河舰队在内，内河水师也分成八个舰队。
内河外洋水师整编为舰队之后，配合作战的龙骧军也从原来的八个师一下子扩充到十九个师，然后在部队数目增加的同时，单个师的兵员却依照骑军、马步军的编制予以缩编为每师六千人，以适应更灵活的调度。
水师的整编动作很大，但却不是这次水师改制中最最重要的部分。为了更好执行华夏海路并进的国策并依照水陆两军不同的特点实施有效的指挥，郑克臧在单一兵
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