分亲军连夜乘坐不多的几艘广船、长龙逃回了大陆，群龙无首的剩余清军便在第二天一早开寨投降。简单编组了数千降军之后，吴淑除留下一个团扼守白沙以外，其余兵马马不停蹄的逼近琼州，遂在二十五日对琼州府城实施合围，约七千人的清军被包围在府城之内苟延残喘。
二月二十六日，吴淑派被俘的清军带信入城劝降，结果遭到清军的拒绝，于是郑军收罗各种木料打造云梯等攻城器械准备强攻。
二月二十八日，押解着丁、马两部三千七百余降兵的郑军左勇卫师和左龙骧师开抵琼州城下。至此，连同八千新附军在内，郑军已经集结了二万二千余人的庞大兵力以及六十余门各式火炮，一场必然血腥的攻城战即将拉开帷幕。
三月三日，在三寸半炮的雷鸣声中郑军发起第一波攻击，数千新附军在郑军的驱赶下冒着城头的弹矢先在河口河（注：即美舍河）中用沙袋填埋出十几条数人宽的通道并架设了若干座简易的箱式浮桥，接着又两度攻上城头。守城清军殊死抵抗，虽然二度打退郑军的攻势，但却在郑军支援的炮火中损失极为惨重。
三月四日，在万泉河抓捕的五千多清军俘虏在郑军的押解下也开到琼州，当即填入新附军各队，吴淑亲自向新附军训话，确保城破之后保证他们的生命。正是依靠着新附军们爆发出来的求生欲望以及兵力上的绝对优势，郑军在自身未付出任何伤亡的情况下于这一天的下午未时三刻夺取了顺化门（西门）外的子城。
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