荡的时局下，他遇到了一系列千载难逢的机会。
同治三年（1864），太平天国平定，曾国藩受到朝廷猜忌，尤其是其弟曾国荃因为卷入夺取太平天国巨额财富一事而成为众矢之的，为避免兔死狗烹的下场，他主动上书请求裁撤湘军，力推李鸿章出面主持大局，打算以淮代湘。一时之间，李鸿章风头无二，俨然有曾国藩衣钵继承人的姿态。当然，他还需要一些帮手，而且，最好不是湘军一系的人，这样，同年进士马新贻就进入了他的视线。很快，马新贻受到李鸿章的暗中推荐，接替开缺回籍的曾国荃，升为浙江巡抚，从此步入封疆大吏的行列。
在这之前，浙江巡抚名义上为曾国荃，浙江军务也归两江总督曾国藩管辖，但其实浙江本是左宗棠的地盘，此时左宗棠正任闽浙总督。马新贻到杭州上任浙江巡抚后，表面上还是相当尊敬曾国藩，曾专程到江宁向曾国藩问计，给曾国藩留下了相当精明强干的印象。马新贻与左宗棠的关系也很好，曾上书力赞昔日左宗棠在浙江的治迹。
这里要专门讲一下总督与巡抚之间的关系。按照清朝官制，总督和巡抚都是封疆大吏，不相统属。按照职责而言，总督主管军事，节制省内绿营提督、总兵各官，且自辖“督标”三至五营；巡抚则主管民事，总管省内政务监察，也自辖“抚标”二营，用兵时也须负责粮饷。一般来说，总督、巡抚选用文人，极少用武人。这是因为武人知兵，不能轻与事权，而文人不习兵事，不妨假以重任，
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