督管辖江南、江西两省的军民政务，由此得了两江总督这个称号。后因江南省人多物阜，遂分为江苏、安徽两省，分别取名于境内之重城江宁、苏州和安庆、徽州的第一个字。此后，两江总督总管江西、安徽、江苏三省以及江宁布政使司所属的苏北地区，总督衙门一直设在江宁。
两江历来是人文荟萃之地，也是朝廷的财赋重地，“国家财富，悉出两江”。两江总督封疆三省，清朝最主要的赋税基本上都是来自两江总督下辖的地区。因此在当时的八大总督（直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、两广、四川、云贵）中，两江总督是最肥的差使。在太平天国之前，两江总督大多由满洲贵族担任，很少轮到汉人头上。直到太平天国后，清朝廷才不得不重用汉人，而靠湘军一手发家的曾国藩想得到这个位子想了很多年。