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汪大人忙于练兵打仗，季衡忙于战争后的善后，并且开始给皇帝写那长达万字的奏折，到十一月下旬，朝廷对江南倭寇之乱的赏罚下来了，皇帝这次是赏罚分明，对汪秉直大人加了兵部侍郎衔，季衡加巡抚两江闽浙，赵致礼升为陆军浙江提督军务总兵官，另外的将领也各有赏赐，那些战死的，自然更是不让白死，当然，出了错的官员，也免不了或者被降职或者被革职，也有情节严重的直接流放，诸如兴化知县萧至圣大人。除此，派了林琮林大人领了江苏陆军提督军务总兵官之职，带了五千人马到江苏，且朝廷还答应会在之后分批送一百万两军饷给两江和闽浙。
皇帝加季衡巡抚两江闽浙，虽然季衡作为巡抚都御使，是在汪秉直之下，但是因为现又加了巡抚两江，自然是起着协调闽浙和两江军务的作用了。
皇帝虽然处置了一批督战不利的官员，但两江总督陈焕之在战争中没什么作为却只是受到了斥责，并无其他处罚，汪大人便知了皇帝的意图，是要节制自己，且让季衡在军务上代替陈焕之的意思。
昭元十四年年底，季衡忙得脚不沾地，因为天气冷，额头上的伤也好得慢，在付扬到达余杭时，他头上的纱布还没有拆。
付扬进巡抚府向季衡报道时，季衡在火器厂根本没回来，季衡优待匠人，在火器研发生产上很舍得花钱，甚至经常亲自前往督促，让匠人自然心生感动，卖力做事，在这方面的成果自然也十分显著，改进的弗朗机炮也有了
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