国防军的最高统帅毫无疑问是民国大总统，现在是李汉。如愿以偿的废掉了国务院总理之后，总统的权力彻底得到了保证，他是宪法规定的中华民国陆海军统帅，民国三百多万军队的唯一合法统帅。无论是陆军部、海军部还是总参谋部，都只有通过他，才有发布军令的权力。
陆军部为远东最为庞大的中华民国国防陆军的司令部，海军部则为民国已经达到十万吨规模的海军司令部，与陆军部职责一样，是接受总统的指挥。负责军队训练，陆空、海军国防军事工业规划及建设，军备采购，军需后勤存储建设，以及军事演习、战事统筹等。
总参谋部则负责培训合格的参谋指挥军官，收集、细化分析军事作战情报，并在战时向军队提供具体的作战计划。
三大军事相关部门以下便是各大军区，到目前为止，民国因为军事跟外部环境的需要，林林总总的已经设立了十四个大小军区。最大的军区统辖之兵力近二十万，最小的也有七八万之数。为了保证保证这些军区的将领不会出现扎堆、山头，李汉可谓是煞费苦心。结合后世苏联跟共和国的经验，中俄战争之后，他首先通过颁布军事法令《军区将领任免法案》，定下了大小军区总司令、参谋长等职位，和平时期任期最多两任，每任最多五年。
同时，他还从后勤跟装备手段出发，严格控制各军区的装备跟物资补给情况。同时在军队有纪律宪兵监督，在驻军所在地有廉政公署跟调查局监督地方官员与驻地军事机构
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