，未免被俘后受刑的刚刚回国抵达拉萨还没把屁股坐热的达赖十三世又逃往后藏地区，随后，在付出四个印度营被消灭，一个英国本国军人组成的营部被打残，廓尔喀步枪十团损失过半代价的英国入侵军队开始撤往江孜地区。
12日，西征军统帅季雨霖任命第九旅旅长蒋肇鉴为‘统筹拉萨战后总理官’，责令他的在战中损失惨重的第九旅接管拉萨城防。而季雨霖则分兵两军命令第三团往后藏行军，而其本人亲率第十五师主力往江孜行军驱赶英军，大有出兵藏南的意思。
13日，‘统筹拉萨战后总理官’蒋肇鉴宣布张贴告示判处达赖十三世叛国罪，责令各地驻军、群众任何人得以击杀，可凭其头颅往拉萨领赏十万，消息传出前藏局势不稳，各地寺庙僧兵集结，大有作乱之举。当日，蒋肇鉴派兵包围甘丹寺，命这座曾在达赖作乱期间先后派出五百僧兵支援的寺庙解除武装，寺主不从，当日下午蒋肇鉴命炮击甘丹寺，因甘丹寺修筑于高山上易守难攻，随后下令不留活口放火烧山，大火燃烧五日甘丹寺举寺无一活口。
15日，第九旅包围色拉寺，有鉴于色拉寺曾派僧兵随乱军东侵，下令逮捕色拉寺寺主，遭色拉寺僧兵攻击。当天炮击色拉寺，随后色拉寺开寺投降，蒋肇鉴命处死七百三十五名僧兵，逮捕色拉寺寺主等人，砸毁毁灭佛像一千七百余尊，强制命令一千六百余名僧侣还俗。
同日，九世班禅曲吉尼玛于日喀则宣布拒绝前藏统治者达赖十三世进入
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