初，国防部内就有一些老派的官僚有所不满，趁着他这段时间里说的闲话，这些官僚也跟着大放厥词起来。
国防部内部有不少席位皆是之前北洋政府时期军事界的要紧人物，还包括一些南方执政府时期被架空的地方军阀，尽管如今南京中央政府完成国家统一，但这些人旧有的处事性格依旧一成不变。北洋时期的官场斗争屡见不鲜，连袁世凯的中央系都内争不止，更何况地方派系之间的成见？
谁都知道当初吴绍霆要开设北京大本营的意图，往好的方面来说，是由于当时梧州执政府刚刚迁入南京不久，国内国际对南京中央政府的影响使其立足不稳。为了巩固南北之间的统治权，故而设立北京大本营督视北方军阀，以示警戒。可是更深层的意思，还是因为吴绍霆自己有独裁的野心，为了分化国家军事大权，把军权牢牢掌握在自己手里，所以设置了另外一套军事系统，北京大本营名义上元首在北京的行营，在职能上与国防部近乎一样，在职权上却甚至高于国防部。
因此，北京大本营成立已经影响国防部许多官僚阶级的利益，尤其是那些骨子里依旧不满吴绍霆的人，总觉得北京大本营就是吴绍霆私有化的小集团，既然现在没能力对付吴绍霆本人，那从诸如此类的小集团下手又有何不可？不仅能消弱吴绍霆的权力，还能巩固个人利益，这是一举两得的好事。
北京大本营存在的矛盾由来已久，庆元会议事件时就已经有民主人士反对这种私有化的军事系统，然
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