绍霆甚至将总统行营都隶属于大本营之下。
大本营最高权利机构为总务处，规定总务处的官员一律为文官，只负责行政管理和监督，并不直接干涉大本营内的其他公务。
同时成立大本营总后勤运输部，分别监督北方铁路网、总统行营后勤供应和北方军务后勤供应。吴绍霆许诺在大本营正式完成建设之后，由张孝准出任部长，阎锡山、商德全、姜桂题为委员会成员，后三人分别在本省辖区之内组建大本营后勤支部。
北方第一集团军司令部设置于此，南苑一个警卫师和两个前北洋中央师即日起划归北方第一集团军序列，三个师整编为共和国精英第三十三师和三十四师，师长分别为雷震春、田文烈。直隶省、山西省、热河省也将分别抽调部队，联合整编为精英第三十五师和三十六师，同时预置新番号三十七、三十八两师，由大本营负责招募训练一批新兵。
大本营还将成立北方特别参谋本部，参谋本部本身隶属于大本营，区别于国防部统辖，但是参谋本部的最高参谋总长由何福光兼任。吴绍霆的这番用意并不难猜测，他要将北京大本营打造成自己的私人资产，哪怕有朝一日自己当不了总统，大本营仍然为自己所控制。
当然，由于何福光要兼顾两头公务，最高参谋总长之下另设北方统x联席会协助管理。由甘肃、陕西、山西、热河、直隶以及东北三省各省选派一名高级参谋长组成十二参谋长席位，吴绍霆任命联席会议长，议长相当于副参谋
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