而在另一边的战斗中，第一分舰队派出的战舰也十分顺利的占领了马尼拉港，虽然这时在港口里还停泊着九艘军舰，但每艘军舰的人员大部份都被抽去守卫城堡了，只留下及少的一部水手看守船只，因此在伏波军的舰队杀进港口之后，他们根不就无法抵抗，也只能束手就禽，乖乖的投降。而港口里的船只，当然也全部都成为伏波军的战利品了。
整个战斗的用时还不足两小时就结束了，比商毅提出的“天晚之前，攻占圣地亚哥堡”的命令，足足提前了二三个多小时。在占领了圣地亚哥堡之后，商毅、成钢、李华梅、还有英国东印度公司的三名代表也都相继登岸，进入了圣地亚哥堡里。而士兵也正在忙着清理战场，查点缴获的物资等等。
在攻占圣地亚哥堡的战斗中，中华军的伤亡仅仅只有十二名士兵。不过由于西班牙军撤退的及时，因此伤亡到也不大，只有二百多人，而且基本都是死于先期炮火中。另外还抓获了八百多名俘虏，主要都是留守战船的水手，以及城堡里的其他杂役人员，成份到十分复杂，来自非州、印度、巴达维亚、果阿、马里包括菲律宾土著都有，但基本没有欧洲人。
不过圣地亚哥堡的规模并不大，又是一座要塞，里面并没有居民定居，因此缴获的粮食、金银等物资并不少，但在马尼拉港里的九艘战舰，还有十五艘其他的船只，却让商毅觉得已经够了。这九艘战船中，包括与李华梅交战的圣卡西号、弗拉门戈号这两艘七百吨级的大船，
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