有审计机构，因此到现在为止，商家军内部没有发生大的营私舞弊事件，但小贪小污依然时有发生，己经处理了五六起。当然这种小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能发现一起，处理一起。但规模扩大以后，仅靠审计司也不够，何况审计司也只能管得住财务，管不用职权，因此设立一个监查机构，也是完全有必要的。
监查司将由商毅直接管理，主事是郝君侠。他原来是北京的户部主事，非常忠于职守，尽职尽责，虽然在商家军中的资励不够，但从另一个方面看，和任何一方也没有什么深交，在相当程度上也保证他的公证性，因此出任监查司的主事非常合适。从权力上说，监查司拥有调查权、问责权、临时拘捕权，但没有审判权。当然监查制度还要在试行中慢慢完善。
两个新设的大机构就这样确定下来，最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门。
在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性。因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作。
而粮食是战略物资，自从到了浙江以后，商毅就一直在储备粮食，现在储备的各种粮食己经超过了七十万石，不仅如此，商毅还打算把整个浙江的粮食都实行计划控制，
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