挑拔土著与华人之间的关纟，结果引发了不少华人与土著的内斗。相比之下，华人的可靠性，要比土著人大得多。因此要在台湾立足，就先要把他们抓住。
商毅首先向众人保证，只要服从商家军的统治，就会保护他们在台湾的土地、财产安全。因为以后还会有移民到来，因此求他们回去以后，划定各自村子的范围，提交户籍和土地面积。并承认土地为各户家庭所有，五年以内，免除任何税收。同时毎个村自己修建村寨，组织团练自保，实现村村联防，并由商家军派人教导他们训练，如果商家军从各村抽调团丁做战，将会支付报酬。
众人听了，也都认为商毅说的这些条件都不错，其实毎个村子都有结团自保的想法，只是无人组织，又怕惹怒了西班牙人，引来报复。现在有商家军来领头，自然都原意。
随后商毅又宣布，将西班牙人命名带有殖民色彩的名字全都取消，都改成后世所用的名字，鸡笼也正式改名为基隆，圣地亚哥城为三貉角县、至萨尔瓦多城改为社寮岛、圣多明哥城改为淡水县、噶玛兰改为宜兰。并且开始建立商家军在这里的初步统治基础。
同时商毅又派遣阿科尼亚，带十人乘船南下，和占领台南的荷兰人接触，宣告西班牙人以经被大明军队驱逐出了台湾，要求荷兰的台湾大员官员派人到基隆来，协商双方在台湾共处的利益。
其实在这个时候，荷兰人在台湾的驻军也不多，绝不超过六百人。就是在整个亚州，荷兰的驻军
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