检疫是当前的紧急任务，于1895年4月任陆军检疫事务官长，时任陆军次官的儿玉源太郎看到他非常勤奋努力从事工作，遂把他记在心中，同年9月重任卫生局长，再任2年半，致力于内务行政及卫生设备的革新改善，与北里柴三郎共同创立了预防传染病研究所。
1898年儿玉源太郎出任台湾总督府的长官，他就邀请了后藤新平随其一道到台湾，担任台湾总督府的卫生顾问，3月又被破格拔擢为民政长官。在儿玉源太郎的宠信之下，后藤新平的才干得以充分的展示。成为台湾民政长官，他把旧中国的保甲制度和新式的警察制度结合起来，很快恢复了当地的秩序，改革当地的土地所有制和税收制度，并改善公共卫生措施。他促进铁路、公路和港口建设，帮助发展轻工业特别是糖厂，采用统一的货币和计量制度，努力巩固日本人和日语在台湾的统治地位。1900年义和团运动爆发后，和儿玉密谋出兵占领福建，被政府以准备不足阻止。
这使得后藤洗牌成为了日本首屈一指的殖民地经营家，出任满铁总裁后，他提倡新旧大陆对抗论，要日本联合俄国，将南满铁路、东清铁路和西伯利亚铁路连成一片，形成欧亚大铁路网，对抗美国铁路资本进入东亚。
可以说，在儿玉源太郎返回日本出任陆军参谋总长之后，后藤新平已经成为了日本殖民统治东北的首脑人物了。连几个铁路守备大队的指挥权，也交到了他的手上。不过，后藤新平希望能够以和平
第四十一章 日本人的拉拢(3/6)