可免，活罪难逃，他们分别被判入狱十年和罚没九成的财产。
对于这些被处决的罪犯，哲布尊丹巴还给他们做了超度的法事。不过，说辞却是他们今生做了恶人，就要下地狱接受惩罚，希望他们来世做个好人。由此，给这些分裂分子盖棺定论，你们都是恶人。活佛都这么说了，那还能有错？于是，大部分蒙古人心中都种下了这颗种子——搞分裂的都是恶人，死了是要下地狱的。
随后，在安蒙军司令部的主导下，对蒙古进行进一步的改革。首先是废除政教合一制度，实行政教分离和宗教信仰自由。对参加叛乱的寺庙的土地、耕畜等生产资料一律没收，对没有参加叛乱的寺庙的生产资料实行赎买政策。一方面，明令规定切实保护宗教信仰自由和爱国守法的寺庙，保护人民有当僧尼的自由和僧尼还俗的自由，保护正常的宗教活动不受干涉，保护有历史意义的寺庙和文物古迹。另一方面，实行“政治统一，信教自由，政教分离”的方针，废除寺庙在经济、政治上的一切封建特权，废除寺庙的封建占有、封建剥削、人身奴役以及寺庙内部的封建管理和等级制度，保障各教派在政治上一律平等。
其次是废除封建农奴主的土地所有制，实行土地改革，废除封建农奴主的土地所有制，使农奴和奴隶成为土地的主人。对参加叛乱的农奴主的土地和其他生产资料一律没收，分配给农奴和奴隶，在农村对于参加叛乱领主的土地实行“谁种谁收”的政策，在牧区，对于参加叛乱牧主
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