就此率领船队撤回巴淡港休整，而是令受损比较重的船只先行返航巴淡港，其余的船只在他的旗舰率领下，居然愣是追到了巴达维亚港。
郑森这个家伙胆大妄为，在没有得到朝廷的准许之下，悍然率领船队抵达了巴达维亚港之后，指挥船队一字排开，先是猛烈炮击巴达维亚港的码头，将好不容易逃回这里的十余条荷兰船只打的是千疮百孔，纷纷挂起白旗宣布投降。
之后郑森便指挥船队开始炮击岸边的炮台，接连摧毁了数座荷兰人在海边的炮台，进而令船队靠近海岸，开始对巴达维亚城进行了长达一昼夜的猛烈炮击。
巴达维亚城只能在大中军舰炮的炮火之中战栗，城内的荷兰人各个都心惊胆战，惶惶如同丧家之犬一般。
最终实在是经受不起大中军舰队的猛烈炮击，巴达维亚总督居然决定投降，派人打出白旗走到海边，要求和大中军舰队指挥官进行谈判。
郑森本来是没有想到要攻占巴达维亚的，他率领舰队过来，主要目的是对荷兰人进行惩戒，使之今后不敢再动马六甲海峡的主意，但是没成想荷兰人居然这么不耐揍，一通炮击居然便打出了白旗。
这个时候郑森率领的船队其实已经是外强中干了，他们先是进行了一场大规模的海战，接着炮击码头和炮台，进而又炮击巴达维亚城，船上所携带的弹药其实已经告罄，本来郑森已经准备下令掉头返回巴淡港补充弹药了，可是没成想在这个时候，荷兰人居然打出白旗投降了！
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