地当年战争的遗迹已经消失不见了，那些战损的城墙以及垛口，都已经被彻底修复，虽然按照肖天健的圣谕，各地包括北京，都不能大兴土木重建或者新建城墙抑或是衙门之类的东西，只能在原有基础上修缮，而且不需追求奢华，尽量减少财政支出，但是北京毕竟已经被确定为未来的大中朝的都城，前期被各部派来准备的人员，还是尽可能的让这里恢复的好一些。
故此北京城和肖天健上次离开这里的时候，变化还是相当大的，城墙上变得干净了许多，城墙上的裂缝也被修补了起来，变得比以往更加庄严巍峨的许多。
走入城中之后，肖天健还注意到了一个情况，那就是北京城这两年变得干净了许多，原因很简单，肖天健知道历史上在这一年的下半年，北方很可能出现了大规模的鼠疫，导致了李自成轻易便取下了北京城，后来李自成的大顺军也可能大规模感染了鼠疫，所以战斗力变得十分低下，最终导致了在清军面前的溃败。
不管这件事是不是真的在历史上发生了，但是肖天健都很是重视这种可能性，这也导致了他决定推迟迁都到北京的时间。
为了避免这种大规模鼠疫的发生，肖天健从去年初开始，便派出了太医局的医官们先行来到了北方，不单单是在北京城之中，包括整个北方个各个城镇，都要求各地官员重视卫生的问题，尽可能的灭鼠，同时对多筹措生石灰不断的在城镇之中进行铺洒，另外要求城镇之中的垃圾安排人及时清理出城，以及人畜
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