便会丢官罢职被崇祯逮问，押入大牢之中，直至崇祯十四年之后，才得以被重新启用，可是随着刑天军搅乱了历史进程之后，杨嗣昌这段时间因为对刑天军剿抚不利而逐渐失宠，使得孙传庭免去了暂时的厄运，顺利的觐见了崇祯，并且在招对之中，说出了一番他对当下天下大势的解决办法，深得崇祯的高兴，当即便命孙传庭总督保定、河北、山东军务，防范刑天军继续北犯。
同时洪承畴也在年后就任了蓟辽总督之职，率领大批麾下兵马北上，去坐镇锦州，防备建奴再次入寇，而洪承畴却按照原先的命运轨迹，朝着未来滑去。
对于崇祯将所有入卫的陕军都留下来这件事上，孙传庭是持着反对意见的，在他看来，这些陕西兵马，已经是大明眼下最后的一支精锐了，如果将他们留下的话，那么陕西必定会兵力十分空虚，而李自成现在尚未剿灭，还躲在商洛一带的山中，刑天军实力越来越大，不管是李自成重新在陕西复起，还是刑天军兵发陕西，陕西都将立即会局势糜烂，陕西不保，则天下再无定日，所以孙传庭力主请崇祯将陕兵发回陕西，重新在关外编练新军。
但是对于孙传庭的这个意见，崇祯却没法照办，崇祯这会儿是有苦难言，刑天军这段时间连番发动舆论攻势，将他说成想要和建奴议和，割地赔款的昏君，他的面子实在是无法承受，所以即便是为了面子，他也不能再对建奴妥协了，只有加强山海关以及锦州一带的防御力量，抵御建奴再次入寇。
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