秘书院、内宏文院）为内阁，作为中央最高行政机关。清代内阁设大学士满、汉各二人，协办大学士满、汉各一人，学士满六人、汉四人。清代内阁名义上是最高行政机关，但它并不是真正的权力中心。议政王大臣会议和后来的军机处，才是真正的最高权力机构。内阁的实际权力比明代小。
2、议政王大臣会议——清初，凡军国大政，皆交由议政王大臣会议决定。议政王大臣会议亦称“国议”，权力很大。其成员概由满族贵族组成，汉人不得参预。这种满族贵族专制的形式，不仅和皇帝独揽大权相抵触，而且也不利于清朝进一步争取各族特别是汉族上层的支持。所以康熙皇帝时又在宫内设南书房，简择词臣才品兼优者充任。南书房设立后，皇帝谕旨多命南书房翰林撰拟，从而削弱了议政王大臣会议的权力。
3、军机处——雍正在位期间，又于1729年（雍正七年）设立军机房，并于1732年（雍正十年）正式改称军机处，承旨办理机务，取代议政王大臣会议，剥夺了诸王预政的权力。参加军机处的军机大臣，由皇帝在满、汉大学士及各部尚书、侍郎中选定。其名称有“军机大臣”、“军机大臣上行走”等。为首者称为“领班”，亦称“首枢”。凡被选入军机处者，都是皇帝的亲信，完全听命于皇帝。皇帝通过军机处将机密谕旨直接寄给地方督抚，称为“廷寄”；各地督抚也将重大问题径寄军机处交皇帝审批，称为“奏折”。中间既不再经过内阁这道手续（“明发上
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