显纯才不得已迫不及待改变了原有的继续羞辱拷打的计划，对六君子实施了秘密处决，以彻底断绝东林党人的妄想----天启五年七月二十四，杨涟、左光斗和魏大中被“土囊压身、铁钉贯耳”而死。
见杨涟等人遇害，袁化中、周朝瑞吓的只能选择以钱赎命，然而钱是交了，可阉党并不愿意就此放虎归山，所以，当年八月十九日，入狱后一直病恹恹的袁化中因为药不对症，庾死；同月二十八日，周朝瑞“继之”。
待五人死后，阉党怕无法向天启皇帝和国内舆论解释，便移顾大章于刑部天牢，此时刑部尚书李养正跟阉党的关系密切，所以便在审讯时“一如镇抚原词，以移宫事牵合封疆，坐六人大辟”，这就在舆论上为阉党杀害杨涟等人做了背书。
得到刑部定罪的结果，天启帝便命令“移大章镇抚”继续追比，顾大章再也不肯去北镇抚司受刑，所以在其弟顾大韶前来探监时，服用了送来的毒酒，然而顾大韶不忍哥哥死去，下药的份量不足，顾大章虽然腹痛如刀搅，但却始终死不了，所以，他便在夜里，趁人不备之际，毅然自缢而死。
至此，杨涟等六君子，无一幸免于难······