登位时即已对前代教皇洪诺留三世的温和政策感到不满，对神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世日益失望。
腓特烈迟迟不如约发动十字军，同时力图既保帝位又兼领西西里国王位的做法早已引起教廷内部人士反感。尽管格列高利当选教皇后不久，腓特烈的十字军终于出师，但又由于流行鼠疫而被迫回师布林迪西，于是教廷与腓特烈的分歧愈加严重且流于表面。
神权天授的教皇早已怀疑腓特烈有二心，遂于1227年宣布判处他以绝罚，并颁发通谕说明原因。身为神圣罗马帝国皇帝的腓特烈则声称绝罚无理，同时谴责罗马教廷，在如此情形下腓特烈仍然率师东进而攻下塞浦路斯并就耶路撒冷问题同埃及苏丹进行谈判。
可想而知，腓特烈以受绝罚之身擅自发动十字军，使教皇大为恼怒，格列高利声称腓特烈驻西西里王国特使对教廷挑衅，以此借口发兵进攻西西里。但没想到的是腓特烈回师击败教皇军，无奈之下教廷只能选择初步妥协并签订圣杰尔马诺条约，但其后双方仍旧敌意对峙，互抱戒心。
欧陆事务的风起云涌使得往日高高在上的罗马教廷第一次露出了自己颓势的一面，当十字军这道锋利的长剑第一次划破自己的掌心，作为教皇，曾经十字军运动的坚定支持者，格利高里九世的心情无疑是复杂的。
他一方面为十字军的强悍战力感到震惊，一方面又为自己身处的困境而不安，在这样的情况下他清楚自己的当务之急便是集合所有
第七章 教宗(3/4)