球甲级联赛冠军的资格，降级乙组及禁止参加欧洲比赛，而主席贝奈德·塔皮因主谋罪成而被判处监禁一年。
1996年获得阿迪达斯老板罗伯·路易-德莱福斯支持，马赛重回顶级联赛行列。1999年马赛晋身欧洲联盟杯决赛，但负于帕尔玛。2004年马赛再次晋身欧洲联盟杯决赛，途中分别将利物浦、国际米兰及纽卡斯尔联淘汰出局，主将迪迪埃·德罗巴表现出色，但决赛仍以零比二负给出炉西甲冠军巴伦西亚，再次与锦标擦身而过，而之后德罗巴更转投英超切尔西。
在2005年夏天马赛胜出国际托托杯，决赛终于击败拉科鲁尼亚，再获欧洲联盟杯的参赛权。然而这却影响了马赛在法甲的表现，实力与成绩落后于里昂、摩纳哥及巴黎圣日耳曼等球队，夺冠的机会越来越渺茫。直至之后的一个赛季，马赛在季初的表现突出，在积分榜上更直迫里昂，最终取得联赛亚军，成功于200708赛季重返欧洲冠军杯赛场。
马赛在200910赛季夺取法国联赛杯冠军，成为俱乐部十七年来首个重要赛事的锦标，同一赛季马赛事隔十八年后再度夺得法甲联赛冠军。