魏忠贤又使人编《三朝要典》，借红丸案、梃击案、移宫案三案为题，毁东林书院，打击东林党。东林著名人士魏大中、顾大章、高攀龙、周起元、缪昌斯等先后被迫害致死。齐楚浙党又造天鉴诸录，加东林以恶名，并列党人榜于全国，每榜少则百人，多至五百余人，凡列名者，生者削籍，死者追夺，朝中善类为之一空。魏忠贤还指使党羽制造《东林点将录》，将著名的东林党人分别加以《水浒》一百零八将绰号，企图将其一网打尽。天启七年明思宗朱由检即位，魏忠贤自缢死，次年毁《三朝要典》，对东林党人的迫害才告停止。但东林与阉党的斗争，一直延续到南明时期。
万历二十二年（1594），吏部文选司郎中顾宪成被削去了官籍返回了故乡无锡。他和弟弟顾允成一道倡议修复了无锡城东的东林书院。这所书院原本是宋儒杨时创立的，杨时是宋代大儒程灏、程颐两兄弟的门徒，是“二程学说”的正宗嫡传。后来的另一位宋代大儒朱熹则是杨时的弟子。顾宪成重修东林书院的时候，十分明确地宣布他是讲程朱理学的，也就是说，他是继承杨时衣钵的。
重新营建东林书院，常州知府欧阳东风和无锡知县林宰帮了很大的忙。落成之后，顾宪成与志同道合的高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等人讲学其中，来听讲求学的人称顾宪成为泾阳先生，后来也有人称他为东林先生。
当时，不少怀抱道义而不被当政者所接纳的士大夫退归林野，东林书
十八、东林党(3/8)