1918年9月20日，蔡元培在开学仪式的演讲上说；“近并鉴于文科学生轻忽自然科学，理科学生轻忽文学、哲学之弊，为沟通文、理两科之计画。”
1919年，蔡元培即废止北大文理科的科别，将原来分属文、理、法三科的14个专业一律改成为系，原来分属于这三科的各系分别改称第一院、第二院、第三院。这个院，不是院系的院，而是大院的院，也就是说，是按各科所在校园内的地域而划分的，并不算做一级机构，从而模糊了专业的概念。
一个没有哲学和思想的民族是没有灵魂的民族，注定不能自立于世界民族之林。但在中国近代“救亡图存”的风气之下，在学人中也出现了急功近利的浮躁思维。蔡元培之所以如此重视文、理两科，并且还如此重视“文理沟通”，他深层次的目的还在于，要扭转当时大学中“重术轻学”“重工轻文理”的偏向，从而为基础学科的学术研究营造风气。
蔡元培进一步提出，中国近代在学习西方过程中亦始终犯了“重术轻学”的毛病。
他说：“中国羡慕外人的，第一次是见其枪炮，就知道他的枪炮比吾们的好。以后又见其器物，知道他的工艺也好。又看外国医生能治病，知道他的医术也好。有人说，外国技术虽好，但是政治上止有霸道，不及中国仁政。后来才知道外国的宪法、行政法等，都比中国进步。于是要学他们的法学、政治学，但是疑他们道学很差，以后详细考查，又知道他们的哲学，
第440章 学科改革(5/7)